Recusa quase sempre é dado divergente do seu cadastro de contribuinte (CNPJ/CPF, inscrição municipal), não defeito do sistema. As recusadas ficam na aba Recusadas de Financeiro › Notas fiscais, cada uma com o motivo e o botão Corrigir e emitir de novo.
As causas mais comuns
"Tomador sem CPF/CNPJ" ou CPF inválido Muitos municípios exigem o documento de quem recebe a nota — que é quem paga: o paciente ou, se houver, o responsável financeiro. Em Corrigir e emitir de novo, a janela pede o CPF ali mesmo e salva no cadastro.
"Inscrição municipal não encontrada" / "contribuinte não cadastrado" O número em Configurações › Nota fiscal (passo 2) não bate com o do seu cadastro municipal, ou o cadastro não está liberado para NFS-e. Confira o número e se a inscrição está ativa.
"Alíquota inválida" ou valor de ISS divergente A alíquota não é a que o município aplica ao item 4.16. Se você é autônoma(o) inscrita(o) ou sociedade de profissionais, o ISS é fixo — escolha essa opção no passo 3, "Como você paga o ISS". Na dúvida, confirme com o contador.
"Certificado inválido" ou "certificado expirado" O certificado A1 vale um ano. A tela de Notas avisa a partir de 30 dias antes do vencimento. Envie o novo no passo 1 da configuração.
"Regime tributário incompatível" A forma de recolher ISS escolhida no passo 3 não é aceita pelo município para esse serviço. Confira com o contador qual é a sua situação.
"Município não integrado" O seu município ainda não aderiu ao padrão nacional. A emissão pelo sistema não é possível hoje; fale com o suporte informando o código IBGE da sua cidade.
Depois de ajustar
Use Corrigir e emitir de novo. A nota recusada não trava a cobrança: ela fica livre para uma nova tentativa, e a recusa sai da aba quando a nota nova é emitida.
Com a emissão automática ligada, a recusa não gera outra nota sozinha. Emitir de novo depois de corrigir é decisão sua.
Se o motivo não estiver claro
Quando a recusa vem do Sistema Nacional da NFS-e, o texto é o dele, sem tradução — é ele que diz o que corrigir. Quando a falha é de rede ou do nosso lado, a tela diz isso em português e o sistema tenta de novo sozinho. Se o motivo não disser nada útil, mande para o suporte junto com o número da cobrança.